清除森林、雨林等地貌特征后，原本被植被覆盖的土地可以直接用于建造农场、矿场等基础生产设施。这种操作能够缩短开发周期，快速提高城市的食物产量和生产效率。在游戏早期优先清除重要建筑或奇观选址附近的障碍，可以提前获取地块的生产力加成，加速决定因素项目的完成。地形改造对军事部署的影响同样显著，雨林和森林不仅会阻碍视野，还会降低单位移动速度，成为敌方伏击的天然屏障。通过夷平这些区域，能够消除地形带来的战略劣势，使军事力量更灵活地调动。在边境地带清除植被后，超距离单位可以更早发现敌方动给，骑兵部队也能快速切入战场。

部分狭窄地形经过清理后，还能用于建造要塞或防御工事，形成易守难攻的战略节点。当探测到石油、铀矿等战略资源埋藏区域时，提前清除地表植被可以避免未来开采时重复施工。某些独特地貌如沼泽虽然提供少量食物，但会大幅延缓建造进度，及时清理这类地块能让工业区、娱乐区等决定因素区域尽早落成。需要注意的是保留具有科学或文化加成的独特地貌反而更有利，例如保留彩虹礁可获取额外科技值，壁画群则能持续提供文化点数。工业区和娱乐中心的辐射范围是六格，科学园区靠近山脉可获取加成，这些独特区域应当优先部署在缺乏资源产出的平地上，将高价格地块留给农场、种植园等设施，可以最大化粮食和金币收益。

若是早期发现某个区域存在大量丘陵，保留部分森林组合伐木场能够形成高效的生产力组合，而平原上的森林则更适合清除后建造贸易站。天然灾害的预防和应对也是地形管理的重要环节，森林大火会随着游戏进程逐渐频繁，保留过多林地也许引发连锁灾难。在干旱季节来临前，提前清除高危区域的植被可以有效降低风险。当火灾已经发生时，调动建造者单位进行紧急修复是必要措施，研发消防科技后还能派遣应急专家加快灭火速度。灾后重建时要注意优先恢复矿场、农场等设施，确保城市产能不会长期中断。远古时期重点清除阻碍奇观建设的障碍，古典时代着眼于战略要道的疏通，工业时代则需为工厂区腾出空间。

进入原子能时代后，核试验区域的地形清理变得尤为重要。每个时期的改造目标都应和当前科技水平相匹配，例如解开蒸汽动力后再处理沼泽地块会更有效率。盲目清除全部天然特征反而会丧失地貌特有的加成效果，保留部分雨林组合大学城区域就能形成强力的科技组合。和其他文明的博弈中，在边境线附近制造大范围平原，能够迫使敌方暴露行军路线。通过交易获取对方决定因素资源所在地块的控制权后，将其夷为平地可暂时封锁资源产出。但要注意全球议会也许通过环境保护法案，过度破坏环境会招致全球谴责甚至经济制裁。