BOSS挑战是游戏进程的核心驱动力，它们并非随机出现，而是各自拥有特殊的召唤条件和挑战节拍，击败这些强大的敌怪不仅是检验玩家装备和诀窍的试金石，也直接关联着游戏阶段的推进、新资源的解开以及更强大装备的获取途径。游戏中的BOSS大致可以分为困难玩法之前、困难玩法以及特定事件中出现的类别，整个经过呈现出明显的阶梯式难度曲线，引导玩家逐步深入这个沙盒全球的核心战斗尝试。

在击败血肉墙进入困难玩法之前，玩家会故事一系列循序渐进的BOSS战。常见的早期挑战对象包括史莱姆王、克苏鲁之眼、全球吞噬者或克苏鲁之脑、蜂后以及骷髅王。血肉墙作为这个阶段的最终守关者，需要玩家在地狱环境中精心准备战场才能召唤并应对其横扫地图的猛烈攻势。鹿角怪小编认为是一个可选的冰雪区域BOSS，也为玩家提供了额外的考验和奖励。这些BOSS的召唤方法多样，例如通过合成特定物品或在满足特定条件后于夜晚天然生成。

战胜血肉墙后全球进入困难玩法，第一轮决定因素挑战是三个机械造物，它们被视作前期BOSS的强化版本，分别是机械蠕虫毁灭者、机械骷髅王以及双子魔眼。成功击败它们标志着玩家有能力在困难玩法中站稳脚跟，并会触发全球出现新的变化，为挑战更强大的存在铺平道路。紧接着，玩家需要深入地下丛林寻找并唤醒世纪之花，这场战斗的胜利将解开新的地牢区域和神庙入口。

击败机械三王后，游戏进程会指给更强大的后期BOSS。在丛林神庙深处，玩家需要运用丛林蜥蜴电池召唤并击败石巨人。前往地牢入口处理拜月教邪教徒，从而引发月亮事件，召唤并摧毁四个天界柱是直面最终BOSS月亮领主的必经之路。游戏中还存在一系列独特的强大敌怪，例如在海洋中用松露虫钓鱼召唤的猪龙鱼公爵，以及在神圣之地夜间击杀七彩草蛉召唤的光之女皇，挑战她需要极高的操作诀窍。